בבניית אתר חדש ממש כמו בפיתוח כל דבר חדש אחר, השלב החשוב ביותר הינו שלב התכנון.
ראשית, בהתאם לענף המדובר, יש לחשוב על ממשק המשתמש של האתר, איזה רושם על האתר לעשות ומה עליו לשדר, לאיזה קהל יעד עליו לפנות. בהמשך לכך יש לתכנן מראש ולהחליט אילו מערכות ודפים יעלו בשלב הראשון של בניית האתר ואיך יוצגו, יתכן כי חלק מהמערכות / דפים יוכלו להתווסף בשלב מאוחר יותר. כל בניית אתרים חייבת לכלול דפים בסיסיים של אתר סטנדרטי כמו "פרופיל", "צור קשר" ומערכות שונות, לדוגמא מערכת דיוור לקוחות (מועדון חברים), מערכת פורומים, מערכת באנרים ואחרות.
כדאי לתכנן בשלב זה אילו מהתכנים יהיו קבועים ואפשר להסתפק בדף סטטי, ואילו צפויים להשתנות באופן שוטף. דף "פרופיל חברה" למשל, אינו מכיל בדרך כלל תכנים שאמורים להשתנות, גלריית תמונות לעומת זאת, צפוי שתצטרך להתעדכן מידי פעם וכדאי לתכנן אותה כמערכת דינאמית, עם עמדת ניהול.
יש לזכור כל הזמן ליצור אתר מאורגן ולוגי. אם האתר יכיל תכנים רבים, כדאי לשקול חלוקה לנושאים ולתת נושאים. המגמה היא לבנות אתר ברור ונוח לניווט ולשימוש. יש לזכור משך כל שלב התכנון את קהל היעד, הגולשים. כאשר האתר קל לשימוש וברור, הגולשים יתמצאו בו בקלות, וישמחו לשוב אליו. בניית אתרים מסובכים ולא מאורגנים גם מקשה על הניווט בהם וגם מותירה רושם רע. הנזק הוא עצום, במיוחד בתקופתנו כשהכל הופך זמין יותר ויותר ברשת ואתרי המתחרים מתרבים והולכים.
בכל הנוגע לעיצוב אתרים, גוני האתר, קווי המתאר, התמונות והפלאשים שיהיו באתר והקו העיצובי הכללי, יש להתחשב הן בסוג האתר ויעודו (אתר של רואי חשבון לדוגמא, יראה מן הסתם שמרני יותר מפורטל ילדים), הן במה שנחשב מודרני והן בטעמך האישי.
בסיכום, רק לאחר שמיצית את שלב התכנון, ויש בידך אפיון אתר או סקיצת אתר כפי שתרצה שייראה, כדאי להתחיל בפיתוח האתר עצמו כשאתה נצמד לשלבים ברורים. בניית אתרים נכונה מותנית בביצוע השלבים לפי הסדר, בשלב התכנון, במהלך בניית האתר ולאחרי בנייתו.